Ниже министра по рангу находятся несколько его заместителей, а также главы различных отделов Министерства. Руководящие чиновники обладают определённой степенью власти, однако она ограничивается властью действующего министра. Точная структура власти внутри Министерства не ясна, однако в ней можно выделить следующие руководящие посты:

Старший заместитель министра — Точная степень власти, которой обладает старший замминистра, неизвестна, однако тот факт, что ему позволено присутствовать на слушаниях Визенгамота наряду с министром и главой Отдела обеспечения магического правопорядка, позволяет предположить, что это очень высокая должность.

Младший заместитель министра — Главы отделов. Эти сотрудники министерства отвечают за деятельность подвластных им отделов. Пост главы Отдела обеспечения магического правопорядка кажется самым главным и самым престижным, так как является одним из основных компонентов порядка преемственности должности министра.

Верховный чародей Визенгамота — должность, занимаемая Альбусом Дамблдором. Верховный чародей является независимым от Министерства и не имеет вышестоящего начальства, однако за министром остаётся право назначать Верховного чародея или снимать с должности.

Президент Международной конфедерации магов — Так как Международная конфедерация магов предположительно является аналогом ООН, эту должность можно рассматривать как должность Генерального секретаря ООН. Если это так, то президент конфедерации магов должен быть независимым от контроля Министерства, однако тот факт, что Дамблдора бесцеремонно сместили с этой должности, доказывает существенное влияние министра на конфедерацию.